炎症性腸炎の治療について

昨年9月末頃より時々下痢（はっきりとした原因は不明）をするようになり、11月末、粘液便に血が混じるようになった為、病院に受診しました。（体重4.5Kg）
処方食CIW・下痢止め・抗生剤の投薬を受けましたが、便は改善されず（食事が未消化のまま出てくる状態）、検査機器の揃っている病院へ独自の判断で転院しました。

転院した病院ですぐに血液検査・レントゲン・エコーを受けたところ、消化管内ガスの異常貯留がわかっただけで、C-CRP値異常なし・肝・腎機煤E肝酵素に異常なしで大腸炎の診断を受け、腸管アシスト・ディアバスター・フォリクリン・フラジールの投薬⇒便が改善。（体重4.3Kg）
フラジールのみの投薬。1週間ほどして、突然血の混じる粘液便の下痢が始まる。
便に大量の酵母菌がいた為、ディアバスター・フォリクリン・フラジールのほかに抗菌剤の投薬⇒1日おきの便で良い時もあれば下痢の時もある。
酵母菌がいなくなり、抗菌剤を中止、腸管アシストをｚ/ｄに変えディアバスター・フォリクリン・フラジール・ビオフェルミンを投与⇒１日おきの粘着性の真っ黒い便、時々うんちをしたそうだが出ない（お腹が痛そうに座る）、時々下痢。この頃より食欲が低下。元気はあり。
この状況が2週間程続き、ステロイドの治療を勧められましたが、その前に内視鏡の検査をお願いしました。
内視鏡の検査結果はアレルギー性胃腸炎、リンパ球・形質細胞性腸炎と診断され、プレドニゾロンでの治療を開始しました（治療前体重4Kｇ）が、反応が悪く、便がゆるい状態が続いています。（体重4.2Kg）
現在、ステロイドは長期間続けられないという事と反応が悪いという事でシクロスポリンを追加しています。（便はゆるいままです）
プレドニゾロンを開始してから、薬の影響で食欲が出て来ましたが、ステロイド、免疫抑制剤のほかに肝疾患用の薬や胃を保護する薬など、毎日6種類もの薬をあげなくてはなりません。
病院の先生は常に詳しく説明をして下さり、素人の変な質問にも真摯に受け答えして下さるのですが、我が家のワンコの下痢がここまで難治性のものとは思いもよらず、困惑と心配の日々でおります。
質問ですが、薬の飲みすぎ（抗生剤・抗菌剤）での下痢とは考えられないのでしょうか？（ないとは思いますが…）　　ステロイド、免疫抑制剤でも下痢が良くならない場合もあるのでしょうか？（抗体が出来てしまうとか…）
他の治療法（例えば、漢方や手作り食など）はないのでしょうか？
先生からは、どうしても下痢が治らない場合は試験開腹をするしかない、と言われています。
食欲がない時期もありましたが、食欲がなくても、下痢でも元気だけはあり、ワンコにとって一番良い方法が何なのか、アドバイスを頂けたらと思います。宜しくお願いします。