いつまでこの状態が続くのか不安です

はじめまして。一才半になる猫のことで相談させていただきます。
生まれてすぐに捨てられていたらしく保護していただいた方から一年前に譲り受けました。保護したときは目も開かないほどひどかったようですが治療の甲斐あって我が家に来たときには涙こそでるものの目はきれいになっていました。ですが鼻水とくしゃみはなかなか治らず慢性化するかもしれないといわれました。それからも通院して注射と飲み薬を続けていますが、薬に慣れてしまうといけないからと言われ調子の良いとき(とはいっても鼻水とくしゃみの量が少し減るくらいです)は薬をのませず、ひどくなってから再開するという繰り返しです。涙目でくしゃみをしていても食欲はあるし元気だったのですが、先日ワクチンを受ける時に、一年ほど飲み薬を飲んでいるのでいったん止めてみましょうと言われ何の薬ももらわなかったのですが悪化してしまい熱が出て、茶色っぽい涙をだし青い鼻水を出し食欲も元気もなくなってしまいました。同じ病院の違う獣医さんにワクチンのせいかもしれないからやはり薬は飲み続けた方がよいと言われましたが、どうすればよいのかわかりません。薬が効かなくのは困るけど鼻が詰まって口で息をしているのを見るのは辛いです。寒くなってからはよりひどくなっているように思います。ちなみにエイズなどの検査は大丈夫でした。慢性化した場合このまま薬を飲み続けても大丈夫なんでしょうか。他にできることはありますか？よろしくお願いします。