猫がよく咽ます

はじめまして。
1歳半になるメス猫（体重4.2kg）についてご相談させてください。
2ヶ月ぐらいのときに姉妹猫とともに拾って現在まで育てています。

拾って2週間ほどして、口がまったく開かなくなったことから獣医にかかったところ、右顎の関節が骨折し、骨折した箇所が治癒する際に可動部も含め骨や肉芽でくっついてしまったため口が開かなくなったと言われ、くっついた骨や肉芽を折るなどし（こじあけるような感じ？）で、口を開けれるようにしました。
口が開けれるようになり成長してからも、下あごが上あごに比べ小さいというか奥の位置にあります。

2日に1回は水を飲んだあとに咽るようなことが子猫のときからあったのですが、最近は水を飲んでいなくても1日最低2、3回は咽ます。

顎の形が悪いからだとずっと思ってきましたが、頻度が増えているので心配です。
また、背中をとんとん叩いてもさすっても本人も嫌がり、あまり効果はないです。

顎の形が悪いこと以外に原因は考えられますでしょうか。
また、苦しそうで見ていてかわいそうですので、根本的に治せないまでも、楽にする方法があったら教えてください。