伝染病と言われました…どうしたらいいのか?途方にくれてます

はじめまして。緊急でアドバイスを頂きたくて質問させていただきました。
ミニチュアダックスのオスです。生後2ヶ月になりました。
ブリーダーさんから譲っていただいたのは今月の8日。それから3～4日ほどして、嘔吐のような咳が出てきました。食欲もあり、元気にしていたのでブリーダーさんに連絡を取ると「風邪の症状でしょう。お薬を渡すので来て下さい。獣医さんに許可を得ていただいてきてる」とのことでした。ブリーダーさんは地方から来て期間限定で販売しているのでかかりつけの獣医さんからお薬をもらってきたとのことでした。
あわせて耳の表皮にフケのようなものがあり、体をよく掻いたり噛んだりしていたので、その症状を伝えるとお店に来てくれとのことでした。
「1週間ほどこの薬を飲ませて、咳が止まったらお風呂に入れて皮膚をキレイにしたらいいでしょう」そういわれて薬をいただいて、いわれたとおりに飲ませていました。
しかし、咳は一時的に止まっただけで、相変わらず出てくるし、抱っこしたらゼロゼロ言うようになってきたので大慌てで病院へ行ったら先生が「伝染病でしょう」と・・・
それもかなり重度です。といわれました。
心臓はきれいな音で動いているのだけれど、肺はすごい雑音です。
こんなにヒドイ雑音はねぇ～・・・
と。
とりあえず、お薬（抗生物質）を頂き、家に帰りました。
お薬を飲んだその日の午後は、息が荒くもうみていられないほど・・・
しかし、夜になると嘘みたいに元気でケージの中のおもちゃでものすごく元気に遊んでました。眠っている時の呼吸は荒くありません。
鼻水は水鼻です。食欲もありますし、下痢もしてません。
オシッコも特に以上はないのですが・・・

お薬をもらって飲ませても、伝染病には勝てないのでしょうか?
こんなに元気でもダメなんでしょうか?
先生のお話を聞いていたら「最悪な事態になることも考えられる」と・・・

伝染病の何かは血液検査などをして調べるけど、あれこれ検査は子犬の体の負担が大きいとも言われました。
どうしてもこの子を元気にしてあげたい!どうしてもすくってあげたいのですが・・・
治るのでしょうか?
どうぞ、教えてください。お願いします。