脱毛症の原因

初めて質問させて頂きます。宜しくお願い致します。

現在2歳の柴犬♂を飼っているのですが、昨年夏過ぎ頃から頭（後ろ耳の付け根あたり）に3cm程の円形のハゲができました。動物病院で診察をした所、顕微鏡で皮膚を見て頂いたのですがダニなどはいなかったようで　真菌かもしれないということで飲み薬を頂きました。

その後1週間程薬を飲み、現在ハゲが広がってはいないのですが　治っている感じもせず相変わらず脱毛したままです。患部を触ってみると指先で解る程プツプツとしていて皮膚は固く、何箇所かかさぶたができています（できてはなくなり、を繰り返しているようです）。診察した時から皮膚の感触も見た目もまるで変わりません。この脱毛の原因はなんなのでしょうか？

特別痒がっている様子もないので、お医者様にはこのまま経過を見ましょう　と言われているのですが、診察して頂いてから2ヶ月以上経過しているので　このままきちんと治るのか不安です。

あと、昨年5月頃に子猫を一緒に飼い始めたのですが　その病気が猫にうつらないか、また猫が原因で悪化しないか心配です。原因がわかれば対処もできるのですが　現在はまだわからないので猫と隔離した方がいいのでしょうか？

柴犬は先天性の病気も多く、皮膚の病気は色々な可能性があるので　完治するには時間がかかるとお医者様からも言われているのですが　気になりまして質問しました。ご回答頂けると幸いです。