上下関係について

初めまして！
上下関係と、「お座り」「待て」「お手」のしつけ方についてアドバイスをいただきたいです。

あと５日で３カ月になるチワワ♂です。最近２回目のワクチンを済ませました。耳の診察中、ずっと警戒し獣医の先生たちにも「ウーー」と唸り今にも噛み付こうとする様子でした。
初めてみる、警戒心むき出しの様子に家族みんなびっくりしてしまいました。
先生には「人がおじけずにしっかりと上下関係をわからせないと、３ヶ月後この子はボスになりますよ」と言われましたが、上下関係をわからせる方法がわかりません。
犬の食事は人間の後、同じベッドで寝ない、等をしているつもりですが、いまいちな反応です。。
あま噛みもとても多いし、やはりなめれられているのでしょうか？

しつけのこともお聞きしたいのですが、「お座り」と言っても座るどころか尻尾を振って寄って来たり、走りまわります。
まだしつけには早いのでしょうか？

長文失礼いたしました。
獣医の先生のご意見をお伺いしたく思います。
どうぞよろしくお願いいたします。