犬も下痢するとお腹が痛くなるのですか？抗生物質の服用で下痢が続いています。

初めて質問をさせていただきます。生後５ヶ月の子犬が膀胱炎になってしまい、抗生物質をもらって飲んでいるのですが、何度薬の種類を変えても便がゆるく、次でだめなら注射で薬をいれるしかないと先生はおっしゃっています。
子犬のうちに何週間も抗生物質を服用したり、何回も種類を変えることは体に害を与えないのでしょうか？
一日に３回も下痢をしたのですが、点滴などは必要ないのでしょうか？
肝心の尿の色も濃いままで、血尿と石は消えて後は炎症を抑えるだけという検査結果だったのですが、お薬を変えている間に再度炎症が進むこともありうるのでしょうか？
ちなみに普段鳴かない子が、すごい声で鳴きました。すごい勢いでトイレに駆け込んだ時に鳴いたのですが、お腹などが痛く不快だったのでしょうか。。その後は何事もなかったかのように眠っているのですが。。。
たくさん質問をしてしまい申し訳ありません。アドバイスいただければ幸いです。