困っています

はじめまして。１歳になるミニチュアダックスフンドを飼っています。
生後１ヶ月から飼い始め、トイレなどのしつけは３、４ヶ月の頃覚えてくれました。
それから普段はリビングで放し飼いしていて、出かける時などはゲージに入れるという生活をしていたのですが、帰ってくるといつもトイレのシートや入れ物が噛んでグチャグチャ状態になっていました。
それで、トイレも覚えてるし…と思って、６ヶ月頃から常にリビングで放し飼いをしていました。
でも、やっぱり外出して帰ってくると、部屋にあるものがグチャグチャに荒らされている状態でした。
なので、噛まれては困るものなどを片付けて荒らされないようにし、ここ最近は穏やかに過ごしていました。
それなのに１ヶ月ほど前から、就寝後５、６時間ほどすると、２階で寝ている私達を吠えて起こそうとします。
そしていつもリビングに下りてみると、決まってウンチをしています。
たぶん取ってほしさに泣いているのかな？とは思っているのですが、正直毎日泣いて起こされると、こちらもゆっくり寝れる日がなくなり、少しストレスに感じてきました。
今私は妊娠５ヶ月で、あまりストレスになるような事は避けたいのですが、どうすれば泣かなくなるのか、なぜ今頃になって泣き出したのか分からない状態です。
どうすれば前のように大人しくなるのかアドバイスなどを頂きたくて投稿させて頂きました。
よろしくお願いします。