膀胱炎のような症状と軟便が長引いて困っています

はじめましてよろしくお願いします。
我が家の愛犬の体調が良くなくて悩んでいます。
始まりは２年前ほど前にオシッコのポーズがちょっと長いことに気がついたことです。
膀胱炎かも知れないなぁと思っていたのですが、それほど辛そうには見えなかったので、すぐに病院には行きませんでした。
その後予防接種のついでにかかりつけの病院で症状を話したところ、抗生剤を処方されました。

それから１年くらいは、ちょっと悪くなったり自然に良くなったりを繰り返していました。ある日知り合いが病院に行くと言うのでいっしょに連れて行ってもらい、いつもとは別の病院（B病院）で診て頂いたところ、トレーにオシッコを採取して検査をしたところ膀胱炎の一歩手前で尿道炎だと診断されて、抗生剤の注射と飲み薬を処方されました。
もう１年も膀胱炎のような症状が続いているのに、いまさら尿道炎というのもおかしいなぁ（それならとっくにもっと悪くなっている気がしたので）と思ったのですが、先生の指示に従い２～３日薬を飲ませたところで、便が柔らかくなってしまい薬を変えてもらいました。
１週間薬を飲ませたあたりで急に渋り腹と下痢になり、その後血便になってしまいました。
B病院に行きましたが、血便の原因は食べ物が腸壁に引っかかって傷がついたためです、まだ尿道炎の気配があるので同じ抗生剤をあと１週間飲ませてくださいとの診断に疑問を抱き、あわてて行きつけのA病院に駆け込みました。
そこで膀胱炎はひとまず置いておいて、下痢をなんとかしましょうということで下痢の治療をしました。
１ヶ月ほどかけてバイトリルとプレドニゾロンで徐々に下痢・血便はおさまりましたがそれ以来軟便になり、ちょっとしたことで下痢をするようになってしまいました。

膀胱炎のような症状が今年になってからだんだんと酷くなってきたので（５メートルくらい歩いてはオシッコのポーズをする。２～３滴のオシッコを搾り出すのに１～２分間震えるほど力を入れてしゃがんでいる。散歩のはじめの２回くらいまでは普通にオシッコが出る）
A病院に連れて行ったところ、後日麻酔をして尿道カテーテルで尿を採取し検査機関で細菌の培養検査と、レントゲンで骨の検査をしてもらいましたが、細菌は全くいませんでした。
レントゲンでは腰の骨が少し尖っているので、軟骨が形成されてしまっているかもしれないが、それが頻尿の原因かどうかは判断ができないと言われました。
ただひとつ気になったのが、カテーテルを挿入する際、膣にちょっと管を差し込んだだけで簡単に出血してしまったとのことでした。
普通はあんなに簡単に膣や尿道の入り口が出血することはないので、腫瘍でもあるのかと思い見たが、腫瘍は確認できなかったそうです。
もしかしたら膣か尿道の入り口が何かの原因で荒れていて、その刺激が気持ち悪くて尿意をもよおしているのかもしれないとのことでした。
その日は、傷がついた膣にバイ菌が入らないようにパセトシンを処方されました。
２～３日は麻酔の影響であまり体調が良く無さそうでしたが、その後膀胱炎の症状がよくなり、散歩も元気で走り回るようになりました。（それまではあまり走ったりしませんでしたが、もう年なのかなぁと諦めていました。しかし頻尿がなくなった途端に元気になったので、これはどこか具合が悪くて元気がなかったのかもしれないと感じました）
A病院に連絡したところ、検査のときに打った注射（抗生剤とステロイド）が効いたのかもしれない言われました。
５日分のパセトシンがなくなったところで、追加でもう５日分のパセトシンとプレドニゾロンをもらって飲ませていました。
膀胱炎のような症状はすっかりとまではいかなくても、随分よくなったので安心してましたが、日を追うごとにまた少しずつ元気が無くなっている感じもしていました。
その後飲み薬を抗生剤を止めてステロイドだけにしたところ、止めて３日目に突然また膀胱炎のようになってしまいました。
あわててまた抗生剤を再開して一日が経ちますが、まだオシッコの様子はおかしいです。
散歩でも覇気がありません。
便はやわらかいのを一日６～７回します。
毎日４～５回、オシッコで庭に出すのですが、その後部屋に戻ると痛いのか気になるのか、いつまでも股を舐めています。

そこで先生方に質問なのですが、尿の検査では細菌が出ていないのに抗生剤が効くということはあるのでしょうか。
また、もしもこのような症状の犬を診たことのある先生がいらっしゃれば、どのような治療法があるのか教えていただけるととても助かります。
インターネットで何度も検索しましたが、犬の膀胱炎は細菌性のものが多いようで、我が家の犬のような例は見つけることが出来ませんでした。
ひとつ見つけたのは膀胱三角筋が炎症を起こしているのかもしれないということでしたが、素人の私にはそれ以上のことはわかりませんでした。
また２年前にはじまった膀胱炎の症状と１年前からの下痢・軟便になにか関係があるのかも知りたいです。

上記の説明では省きましたが、地元の動物病院を何件かまわりましたがどこも原因はわからないと言われてしまい途方にくれています。
人間でも原因不明の病気が多々あるので、犬ならなおさらだとは思いますが、目の前で辛そうにされるとなんとかしてあげたい気持ちでいっぱいです。
なにか良い方法があればアドバイスをいただけると本当にうれしいです。
どうぞよろしくお願いします。