小腸が働かない

生後４ヶ月のシェルティーです。生後50日ほどでペットショップから購入したものですが，購入した翌日にケンネルコフにかかっていることが分かり，直ぐに病院に行きました。１週間ほど薬を飲んで直りましたが，それからは吐き気が始まり何度も吐く毎日です。
病院に入院し，開腹検査までやった結果，小腸がブヨブヨになっており，ほとんど働いていない状態とのこと。病理検査も終わったが，吐き気に繋がる原因は小腸以外ないのではないか，と言われましたが，念のため今度は東大病院へ病理検査を依頼しているとのことです。
　原因が小腸だとしたら，切るしかないと言われましたが，小腸を切った場合，その後どのような状況になるか（現在は膀胱炎を併発）例がないので何とも言えないと言われました。
病院の先生は一生懸命みてくれていますが，経験のない初めてのことなので何でも断定したことは言えないと言われました。
　もし，このような経験あるいは話しを聞いたことのある先生がありましたらアドバイス等教えていただきたいのですが。
　何しろ生後４ヶ月で入院生活が２ヶ月にもなり，かわいそうでたまりません。それと，我が家はサラリーマン家庭ですので金銭的にも心配で・・・先生はお金のことは相談に乗るから心配しないでといわれます。