甲状腺機能低下症について

初めて質問いたいます。アキ（柴犬もうすぐ7歳・メス）の毛が7月ごろからおなか、胸、後ろ足の付け根ににかけて抜けて地肌が見えてきました。
いつも毛替えの時期にはおなかの辺りの毛がぬけて地肌が見えていましたが、今回は範囲が広いようです。
体重は１２．４Ｋｇです。ちょっと太っています。
昼間はずっと寝ていますが、夜は元気で、ボールや
タオルで遊んだりします。
朝、晩の散歩は40分ずつ行きますが、すごく元気に歩きます。
食事はサイエンスダイエット老犬用を標準量の3分の２くらいとおやつ、レトルトの鶏肉1パックくらいを食べています。
去年獣医さんから甲状腺機能低下症の疑いがあるので検査しましょうといわれ、検査したところ、正常値の一番低い数値よりちょっと下くらいの数値で、薬を１月飲ませました。
一月後に行くと毛もきれいに生えかわっていて元気そうなのでこのままで様子をみます。ということで薬はありませんでした。調子の悪いときだけ補ってやれば良いということでした。
今年も同じような症状になったのでやはり薬をもらいに行こうかどうか迷っています。内分泌系の疾患は薬を飲まし始めたら一生飲ませ続けるのでしょうか？もしのませなかったら段々悪くなるのでしょうか？
薬を長年飲ませることになると副作用も心配ですが、どのような副作用が有るのでしょうか？アキと同じような状態で薬を飲ませなくても元気に長生きした犬もいるのでしょうか？できれば薬に頼りたくないのですが・・・食事療法でよくなることがありますか？ペットフードのほかに何か食べさせるといいものは有りますか？よろしくお願いいたします。