室内飼いする問題について

ボーダコリーの子犬を飼っておりますが、係りつけの獣医師の先生によると、室内飼いにした方がよい（その方がこの犬との生活を楽しめる）というようなアドバイスを受けました。
家の条件としては室内飼いは不可能ではありませんが、以下のような問題があります。

○出っ張ったものを噛む。ビターアップルを塗っても難しいです。全部に塗るのは不可能かと？　ボーダーのハイパーアクティブな性格が出ています。
家の築年数が１年です。

○衛生上の問題？　欧米での犬の飼い方は殆ど家族と一緒の空間で生活しているように思います。日本でもその傾向が出ていると思いますが、衛生上どのようなことに気をつけるべきでしょうか。あまり問題ないと考えるべきでしょうか。部屋に上げると後でかなりの犬の抜け毛が見られます。犬の糞を処理しながら、私の手も細菌レベルではかなり汚れているだろう思うのですが。

○トイレ　これは、場所を決めて何度もトレーニングするしかないと思いますが、今のところ失敗しています。その理由は、犬を飼いながら試行錯誤したのでペットシーツの場所がマチマチになってしまったことと、ペットシーツで排泄ができたときに派手にほめるということですが、可愛がりすぎたため（？）ほめられることが普通だと思ってしまっていることがあります。
メリハリがついていないということです。

以上です。何か室内飼いのコツがあったら教えていただきたいのですが。