夜から朝にかけての咳。風邪と言われましたが、一向に治りません。

うちに来て1ヶ月半ほどになる、生後3ヶ月半のチワワ（♀）について相談があります。

もともとブリーダーさんのところからペットショップに来た時点で風邪気味だったらしく、風邪が治るまではということで店頭ではなく奥で育てていたとのこと。
（たまたま見せてもらって、「もう風邪も良くなってきてそろそろ店頭デビューさせようと思っていたところなので、すぐによくばりますよ」と言われ、うちに連れて帰ることに。）
その時は咳と鼻水が出ていました。

動物病院併設のペットショップなので、抗生物質を処方してもらい連れて帰り、暫く様子を見ることになりました。同じ日（5月3日）に8種混合ワクチン1回目を済ませました。

1ヶ月後、依然として咳は出ていましたが、鼻水の方は収まっていました。
5月25日、ワクチン2回目をしにお店（病院）に行った際、健康診断をしてくれたのですが、「風邪もだいぶ良くなっていて、長くてもあと2週間くらいで咳も収まる筈」と言われました。
この時、抗生物質はなくなっていましたが、「長い間飲ませるのはよくないので自然回復を待ちましょう」という事になりました。
咳も始めに比べたらましになっていましたし、鼻水も止まっていたので、この言葉を信じて様子を見ることにしました。

症状としては、はしゃいだ時に出るというわけではなく、むしろ夜寝る前から朝にかけてひどく、特に朝方は自分の咳で目が覚める様です。
起きてからも断続的に、20回位連続して咳をしています。音は「ブスッ」っといった感じで、素人目にはくしゃみの様な音です。
なでたり抱っこしてあげると収まってきますが、時にはまたすぐに繰り返します。

前回診てもらってから3週間が過ぎましたが、一向に咳が止まりません。
うちに来た1ヶ月3週間前が一番ひどく、その後1ヶ月くらいは若干ましでしたが、ここ2日～3日は、むしろうちに来た当初の状況の様な感じです。
更に、今朝は何度か咳をした後、30秒位「はぁ゛ー、はぁ゛ー、はぁ゛ー、はぁ゛ー」と苦しそうな息の仕方をしていました。
これはすぐに止んで、また数回咳をしてからは収まったのですが…。

1つ気になるのは、3日ほど前から餌の種類を変えたことで、食いつきが悪くなったので、少し体力が落ちて咳の悪化に関係しているのかなということです。
というのも、最初にペットショップで貰った餌（種類不明）が少なくなったため、アーテミスのスモールブリードパピーを半分混ぜて与え始めました。
今までに比べて食いつきが悪くなり、2/3位の量しか食べなくなりました。（とは言え1日に100g位は食べていると思います。）また今までは手のひらで食べていたのに、その頃から1粒加えては離れたところに行って食べる、を繰り返すようになりました。
しかも、半分のうち、前の餌のみより分けて食べている様に見えます。ちなみに便は少し緩めになっています。

ペットショップ併（病院）に相談しましたが、「もうすぐ治るはず」といわれ、また「6月21日の3回のワクチンが終わるまでは、予期せぬ感染症などを防ぐために絶対に他のお医者さんにはかからないで下さい」と言われているので、今週土曜日にその病院で打つ予定の3回目のワクチンを待っている状態です。
3回目のワクチンが終わり次第すぐに他の病院にも行ってみようとは考えていますが、とても心配です。

同時に、何か重大な病気だったり早急な治療が必要な病気だったら…ととても心配です。

長文になってしまい大変申し訳ありませんが、どうぞよろしくお願いします。