犬の軟便

　軟便に関してお聞きします。
８月下旬に激しい下痢になりました。トマトケチャップの様な下痢～水下痢状で初めての下血もありました。（明るい赤色）
動物病院で検便しましたが寄生虫はおらず、抗生物質を貰い様子を見ましたが以前のような硬さの便に戻りません。
そのような状況の中、１０日程前に２回目の激しい下痢がありました。粘質が混じっていたものの、以前の様なトマトケチャップのような状態ではありませんでした。

腸内細菌のバランスが崩れた場合、そのバランスは時間が解決してくれるのでしょうか？どうしたら元に戻せますか？

空腹時にグルグル大きな音でお腹が鳴ること、臭いおならをするようになり気になります。

超大型犬、♀、６歳９ヶ月。
昨年来、歯茎にエプリスがたくさん出来て、歯が汚れた状態です。
私が歯石をとっていますが綺麗には落とせませんのですぐに汚れます。

回答宜しくお願いします。