子犬のジラルジア治療について

はじめまして。子犬のジアルジア感染について質問させてください。

2週間前にフレンチブルドッグの子犬二匹（白と黒）を契約しました。そのときから二匹ともジアルジアにかかっており、駆虫をしてから引渡しということになっていました。今日時点で一匹（白）にまだ虫が残っている状態です。ここに至るまでの経緯ですが、以下のようになっています。

1. 契約一週間後、様子を見に行ったら一匹は虫がいなくなった、とのこと
　※この時点では、白の方がＯＫで、黒がＮＧでした
2. その一週間後(昨日)の検査連絡では、一週間前とは逆に、黒がＯＫで白がＮＧという診断でした

1と2の間の期間に、何度か様子を見に行って、二匹を抱いてしまったりはしていましたので、移ってしまった可能性はあります。私自身の知識不足で、移るということを注意せずに両方を抱いてしまったのは反省しています（ペットショップのスタッフの方からも注意がなかったのですが・・）

その後、色々と調べたのですが、ジアルジアの駆虫には時間がかかる場合もあるということで、二匹とも引き取って自分達で獣医さんに通って治療するか、完全に駆虫できるまでペットショップに預けたままにするか、迷っています。今のところ、長引く可能性があるなら、いっそ引き取って自分達のもとで治療していくという考えが強いのですが、自分達で治療していくにあたっての注意点等、アドバイスいただければ幸いです。