下痢が長く続いています

初めまして。
我が家のバーニーズマウンテンドッグ（♂４歳半）ですが、もう２ヶ月以上の下痢が続いています。
朝は固めのうんちをするのですが、２回目、３回目とだんだん緩くなって、夕方には完全な下痢になっています。
調子の良いときは夕方にも固いうんちをするのですが、日によってまちまちです。

１ヶ月半ほど前、病院に連れて行きました。
治療方法としては、抗生物質の注射を打ち、錠剤を飲み、処方食（ヒルズのｗ／ｄ）のみを与え、その間に下痢を起こしたらもう一度連れてきてくださいとのことでした。
その後、少し改善したのですが、処方食から普通のフード（病院で出されたもの）に切り替えていくとまた下痢を起こしてしまい、また抗生物質の投与からやり直しでした。
２回目は、錠剤を少し強めのものが処方されましたが、合わなかったのか下痢がひどくなってしまったため、最初のものに戻しました。
腸内の菌が繁殖しているという診断でした。（菌の名前は忘れてしまいました）

そこの獣医さんは、アレルギーは一番可能性が低いと言うので、アレルギー検査などはしていません。
今は処方食のみを与え、その他のおやつ等も控えています。
ここ数日、また下痢の症状があります。
長距離の散歩をすると、下痢を起こす傾向にあるような気がします。
病院を変えてみようとも考えています。
下痢の原因として、他に何か考えられることはありますでしょうか。
水は飲みたいときに飲めるよう、常に置いてあります。
水分の取りすぎということもあるのでしょうか。
よろしくお願いします。