結膜炎について

５月１５日に目が真っ赤に充血してるのに気づいて病院へ行きました。
結果は結膜炎が悪化しているとのことで、目薬を２種類出され、１日４、５回さすように言われました。
薬は、アズレンとゲンタマイシンです。

もともとアトピーと言われていて、よく顔を絨毯に擦り付けてました。
また、4月末に自分でシャンプーして、もしかしたら目にシャンプーが入ったのかもしれないという思いもあります。

目薬をさし始めてからしばらくは目薬を持ってくると薬が染みるのかめちゃくちゃ嫌がり、さすのが一苦労でしたが、昨日からは嫌がることなくつけさせてくれるようになり、顔を絨毯に擦り付けることもなくなりました。

ただ、充血はあめり変化がなくて、目も半分くらいしか開いていません。
結膜炎は、治るまでどのくらいかかるんでしょうか？

また、自宅でシャンプーするときに目にシャンプーが入らないようにするにはどうしたらいいんですか？