ゆるゆるウンチの直し方と、ワクチンと抗生剤の同時接種について

初めまして。
アドバイスを頂きたいと思い質問させて頂きました。

今日で満4か月になったチワポメの子犬についてお聞きします。
1週間前に購入して、家に連れて来ました。
今日、３回目のワクチンを接種したのですが、購入後からずっとお腹がゆるくて受診し（糞便検査で、悪玉菌が活発になっているとのことで）整腸剤をもらい５日間飲んでも治らないので今日は「腸の悪玉菌を減らす為に抗生剤を打ちましょう」とワクチンと抗生剤2種のアンプルを注射にとり接種しました。
１つ目の質問は、ワクチンと抗生剤を同時接種して、ワクチンの効き目（抗体）が弱くなりませんか？
2つ目の質問は・・・餌についてです。
生後4か月ですが極小でまだ５００ｇしかありません。
購入したペットショップの話だと「消化吸収が悪くて倒れて入院したことがあったから、生後4か月でも、未だ暫くはふやかしたフードを4回くらいに分けて与えて下さい」と言われましたが、獣医さんは「いくら小さくたって、もう4か月なんだからカリカリのままのフードを1日２～３回で良い」と言います。ウンチがユルいので消化しきれないのかと思い私としては、月齢に捕らわれずに可能な限りは、ふやかしたフードを4回に分けて胃腸に無理のないように与えようと思うのですが、例えば、
ふやかしたフードを長く与えるデメリットって何でしょうか？人間の「おかゆ」みたいに、消化が良く胃腸に優しいから誰が食べても問題ないと思うのですが、歯や知能の発育に影響するものですか？
それと、カリカリに切り替えるのが先なのか、回数を減らすのが先なのかもお聞きしたいところです。カリカリへの切り替えのタイミングや切り替え方法をご教示お願い致します。