寝ている最中や、寝起きの咳

初めまして。
過去ロムでよくある質問だと思いますが、質問させて下さい。

生後３ヶ月過ぎた頃、ヨーキー雄です。
食欲、元気ともあるのですが、生後２ヶ月家に来てすぐ、咳をするようになりました。
ペットショップから購入時に、健康診断を受けるように言われていたので、購入して１週間以内に病院に行きました。
そのときは咳の件（それまではむせているとしか思っていなかった）を様子見るように言われました。

でもその次の週、咳が酷くなるように感じ購入したペットショップに聞いたところ、ネブライザーがあるからやったほうがいいといわれ、処置して貰いました。
その時、市販の咳止めくすりと、オレンジ色の抗生部質飲むように言われ、飲ませました。

それで症状はほぼ収まったようでした。

まもなく、２回目の予防接種の時期が来て注射。
注射後、半日しないうちに咳が酷くなり、次の日に再度病院へ。
注射により、抵抗力が弱くなり、ぶりかえしたのだろうという判断でした。オレンジ色の抗生部質頂き、また薬を続けました。
その間１週間。


薬を飲んでいる間は咳が落ち着いてきたように思いましたが、薬が終わると、やはり咳込みはじめました。

今回は、だいぶ酷くなってきてます。
心配になり先日再度病院で診察受けました。
心臓に雑音も特に聞こえないから、やはり喉の細菌による物だろうとのことです。
同じくすりを頂き、今日で２日たちました。

咳が軽減されることがないんです。どちらかというと、酷くなったいるような感じです。ぶり返しにより、細菌が強くなっている可能性があるとは、先生は言ってたのですが・・・・・
寝ているときや寝起き時、急に苦しそうにゲホゲホはじめるので、なんとも心配です。

病院の薬（オレンジ色の）だけでいいのか、ペットショップでやっていただいたネブライザーもやった方がいいのか、薬を増やした方がいいのか・・・・・

申し訳有りませんが、お返事お願い致します。