人に対する威嚇について

室内で柴犬を飼っています。
とても神経質な犬で特に強風の時には
高い声で鳴き、苦しそうになる時があるために
現在はかかりつけの獣医さんとも相談し、
日中も夜も自由に移動できる様にしています。

散歩は１日３回、朝起きてからと夕方、そして
寝る前（２１時）の３回をしています。寝る前のは家の前に出て
トイレをする程度のものですが、
それぞれの散歩の後、家に上がる前に足を拭いて
入る様にしています。

朝、夕の２回は問題無く足を拭かせるのですが、
夜寝る前のときは特に最近、低い声でうなりごえで
威嚇するようになりました。朝夕と同じことをしているのですが、
何か訴えようとしているのでしょうか?
寝る前のはトイレだけなので、朝まで持つようであれば
しなくてもよいと思いますが、何か知見がありましたら
アドバイス御願いします。

なお、夜はなんとなく機嫌が悪そうな感じを受けたりもしています。