長引く膀胱炎が気になります

いつもお世話になっております。
１０月１１日に「膀胱炎にかかっている」とかかりつけのお医者様から言われ（細菌レベル３）抗生剤と胃薬の錠剤を８日分いただきしっかり飲ませましたが
２１日に検査した際にもまだ細菌（レベル３）がいると言われました。
薬を変更し、更に８日間飲ませ２９日に検査した所細菌レベルはレベル１に減りましたが完全ではないとの事で、更に抗生剤と胃薬を８日間服用。
１１月７日に検査した際また細菌がレベル３に増えており、更に薬が８日間処方され、１１月２０日に検査した所まだ細菌がレベル３の状態をキープしたままでした。
お医者様曰く「膀胱炎ならこんなに元気なはずはないので、尿を採取する際にコップに付着している菌の可能性も高い。
暫く抗生剤はお休みして様子を見てみましょう」とおっしゃいました。
しかし、検査ではレベル３と言う細菌の状態なのに抗生剤を飲ませずして細菌が自然消滅するとは思えません。
何か他の病気は疑えませんか？と伺ったのですが、それは考え難いとのお答えでした。
このまま様子を見ていても本当に大丈夫なのかと心配で、こちらの先生方に相談させていただきました。
どうぞよろしくお願いします。