猫ちゃんの目について

初めての経験で調べてもわからないため質問させて頂きます。
先日、我が家の猫の目の様子がおかしく病院につれていきました。眼球に傷などはないそうですが、結膜炎と診断され目薬と内服薬を処方していただきました。
なのですが、病院でもどうしようもないくらい暴れまわって、家でも目薬は暴れまわってとてもさせません。毛布で包んでなど調べて色々対策は取ったのですが、全て猫が覚えてしまい逃げて暴れてしまってお手上げ状態です。なのでとりあえず内服薬だけ飲ませています。内服薬だけでは意味はないのでしょうか、、、？
複数猫は飼っているのですが、結膜炎もこんなに暴れられたりするのも初めてのことでパニックになっています。
このような場合はどうしたらいいのか教えて頂きたいです。