駆虫しても出てくる鞭虫について。

先日、庭に潜む鞭虫の駆除方法に質問をさせて頂いた者です。
現在、メス１５歳のビーグル犬を飼っています。

鞭虫に何度もお腹をやられていて、先日、入院をしました。
他の症状も重なっていたため入院という形になりました。
そこで鞭虫駆除の注射等を４回も行ったらしいのですが、昨日の便にはまだ鞭中が残っていたという事でした。

体内の鞭虫は、駆除してもしきれないものなのでしょうか？
また、入院から帰ってきたら室内で飼う事になっているのですが、（鞭虫が残っている可能性のある）便をした跡には何らかの方法で消毒をする必要があるのでしょうか？
もしあるようでしたら、合わせてその方法も教えて頂けると助かります。

よろしくお願いします。