軟便について、又治療食から普通食への切り替え方。

アドバイスを頂きたいと思いまして質問させていただきました。
キャバリア、９歳の雄です。
半年くらい前から生食を始めたところ、最初は良かったのですが、段々とうんちが緩み、１か月前に、明るい茶色の、液体の下痢を起こしてしまいました。
　病院で診ていただいたところ、腸内にバクテリアが大量に見つかり、細菌のバランスが崩れているとのことでした。
　念のための寄生虫の薬、抗生物質、それから治療食を出してもらいました。
　それから生食はやめることにして、加熱食に切り替えたのですが、治療食を食べている間はいいのですが、普通食に戻すと、すぐに軟便になってしまいます。
　治療食のときはティッシュにもつかないうんちでしたが、普通食を混ぜると、形はあるものの、軟らかい、ティッシュにベッタリつくようなうんちになります。
３日位かけて切り替えたのですが、またバクテリアが増えてしまい、治療食に戻ってしまいました。
　今は１週間ほど治療食で、うんちは安定しているのですが、どのくらい時間をかけて普通食に戻せばいいのかわかりません。
先生は軟便になったらまた来てくださいとおっしゃるのですが、高齢でもあり、出来るだけ体の負担を減らしてやりたいのです。
　手作り食よりも、市販のドッグフードがいいのかもしれませんが、とても太りやすい体質で、例えライトフードでも給餌量の半分くらいしか与えることが出来ず、色々な栄養素が足りないのではと心配です。
　長々と書いてしまいましたが、アドバイスをよろしくお願いします。