今後どうしたら…

はじめまして。アドバイスをお願いします。現在7ヶ月の雑種猫です。生後1.2ヶ月位で保護しました。保護した時既に左目の黒目がなく（眼球はありました）両目から黄色い膿のようなめやにが酷い状態でした。その際動物病院を受診しウィルス性の伝染性結膜炎で左目はあきらめて下さいと言われました。抗生物質の目薬を処方され、右目はきれいに直りました。左目の膿のような目やにも治りました。その際、あとはもうできる事はないので、ほっておいて大丈夫との事でした。ただ、その後も常時目のふちが赤く茶色いゼリー状の目やにが出ます。あまり酷いときには前にもらった抗生物質の目薬をさしていました。そして、最近風邪をひいたので、動物病院を受診した際に目の事も聞いたのですが、赤く炎症を起こしているので、抗生物質目薬を処方されました。その時に目が開いているからばい菌が入るのでは？縫い合わせるといった事はできないのか？と確認した所、眼球が腐ってしまえば摘出手術をして縫い合わせる事はあるが、今の状態だと目薬を差すしかないと言われました。常時抗生物質の目薬をさすと効かなくなるので、2.3ヶ月でほかの種類に変えるとも言われました。目薬をさしている時は赤みはなくなり、目やにも少なくなりますが、1日でもささないと、元に戻ります。

そこで、お尋ねしたいのですか、一生抗生物質の目薬をさし続けるという事は猫の体にとって影響はないのでしょうか？なにか他の方法はないのでしょうか？尚、保護してすぐにパルボウィルスを発症し、その際心停止（時間は不明）して、その後遺症で右半身が若干麻痺しています（日常生活には問題ない程度）。食欲も他の猫に比べて少なく、体も小さく、風邪もひきやすい猫なので、他の病気に罹った時に薬が効かなくなることも心配です。
　何かよい方法はありませんでしょうか？